Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. Juan Francisco Alcoy arrancó la temporada en el banquillo manteniendo un buen equilibrio de puntos pero el juego no era nada vistoso y esto le costó el puesto en una decisión polémica. Una mala racha de juego y resultados, y la salida del equipo del play off de ascenso a Segunda División hacen que el técnico sea destituido tras la jornada decimosexta, camisetas de futbol tras haber permanecido 13 jornadas liderando la tabla. En sus primeros años las reglas del juego sufrieron varios ajustes, y no fue sino hasta 1868 que se logró una estabilización en torno a las reglas del juego. La neonata asociación queda presidida por el suizo Walter Wild, siendo secretario Lluís Ossó i Serra, mientras la tesorería recae en Bertomeu Terrades, reservándose Hans Gamper el puesto de capitán al ser menor de edad -22 años frente a los 23 que exigía la Ley entonces-. Después de pasar 5 años cedido en diferentes clubes, fue anunciada la ida del delantero brasileño Keirrison tras expirar su contrato con el F. C. Barcelona, donde no tuvo la posibilidad de jugar.
Se trabajó con gran efecto y el equipo ganó dos Ligas y la novena Copa de Europa en 2002, el año del Centenario, frente al Bayer Leverkusen Fußball por 2-1, gracias a un gol histórico de volea de Zidane y a la actuación de Casillas en los últimos instantes del encuentro. Gracias a este ejercicio de suelo, Estados Unidos logra la medalla de oro por delante de Brasil y Francia en el concurso por equipos del Mundial de Amberes. El partido, de Segunda División, fue el primer derbi liguero entre el Sevilla y el Betis, el cual fue ganado por este último (1-2). En esta temporada, el Sevilla se alzó con el campeonato de Segunda División. A finales de agosto de 2010, antes del inicio liguero el FC Cartagena vende al meta Rubén al Málaga CF por 1.200.000 €. Comienza la liga de forma satisfactoria, con seis victorias consecutivas (alguna de ellas frente a rivales de categoría y rivales por el ascenso como el Albacete Balompié), situándose líder de la competición y logrando el mejor arranque liguero de la historia del Cartagena en la categoría, superando las cuatro victorias de la temporada 2008/2009, cuando se consiguió el último ascenso a la Segunda División.
Con motivo de expandir la imagen del club se adhirió a la Superleague Formula, una competición automovilística, creada en 2008, que cuenta con 18 coches de fórmula que compiten luciendo los colores de los clubes de fútbol más importantes del mundo. Sin embargo, una posterior racha de victorias consecutivas acompañadas de un fútbol ofensivo que disfrutabamos cada vez más seguido, llevó al equipo a optar por los puestos de play-off de ascenso, un objetivo al que se llegó a estar muy cerca en la jornada 31 a tan solo 3 puntos del 4.ª por aquel entonces el Ceuta y a 4 puntos del 3.ª. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al F. C. Cartagena, finalizando el campeonato en 8.ª posición. Sin embargo, la escuadra brasileña lograba empatar de nuevo el marcador. El delantero tendrá que cumplir la sanción FIFA y no podrá jugar hasta octubre. ↑ «El TAS desestima el recurso del Barça a la sanción de la FIFA y no podrá fichar hasta enero de 2016». 20 Minutos. ↑ «El Barça tiene la mejor cantera del mundo».
Finalizadas las 14 primeras jornadas del campeonato, un tercio de la temporada 2009/2010 y con una victoria sobre SD Huesca por 1-0 en el Estadio Municipal Cartagonova, el equipo cartagenero se situó líder de la Segunda División. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. A falta de 5 jornadas para la finalización de la Liga Adelante (Segunda División), el Cartagena se encontraba en posición de ascenso a la Primera División.